Struktur organisasi Puskesmas umumnya terdiri dari Kepala Puskesmas, Unit Tata Usaha, serta penanggung jawab untuk Upaya Kesehatan Masyarakat (UKM) esensial dan pengembangan, Upaya Kesehatan Perorangan (UKP), kefarmasian, dan laboratorium, serta penanggung jawab jaringan pelayanan. Organisasi ini dibagi menjadi beberapa klaster untuk efisiensi dan efektivitas pelayanan.